Przy uprawie roślin przez dłuższy czas na tym samym miejscu gleba zostaje jednostronnie zubożona, gdyż każdy gatunek rośliny pobiera z niej składniki pokarmowe w ściśle określonych dla siebie proporcjach. Rośliny inaczej również oddziałują na właściwości gleby. Wiąże się to z budową ich systemu korzeniowego, ilością pozostawianych w glebie resztek roślinnych, odmiennymi wymaganiami, co do nawożenia czy zabiegów uprawowych. Te szkodliwe skutki ujawniają się ze szczególną siłą na glebach mało żyznych, lekkich, o niskiej zawartości minerałów ilastych i próchnicy. Ponadto rośliny przez system korzeniowy wydzielają pewne toksyczne substancje (produkty przemiany materii – biotoksyny), które z resztkami starych korzeni pozostającymi w glebie hamują wzrost roślin następczych. Niebezpieczeństwo wynikające z niewłaściwego zmianowania roślin polega nie tylko na jednostronnym wyczerpaniu gleby z substancji pokarmowych, czy nagromadzeniu w niej związków toksycznych, ale przede wszystkim na występowaniu w glebie chorobotwórczych bakterii, wirusów, grzybów czy nicieni.

Przy niewłaściwym następstwie roślin uprawianych po sobie na tym samym miej scu może dojść do epidemicznego rozprzestrzenienia się chorób i szkodników. W niektórych przypadkach zmęczenie gleby określa się takimi terminami, jak np. „wyburaczenie” czy „wykon¡czynienie”. Jak wykazały badania, przyczyną „wykoniczynienia” było nagromadzenie się w glebie organizmów niszczących bakterie brodawkowe (bakteriofagi) współżyjące z koniczyną i łubinem. „Wyburaczenie” z kolei powodowane było nadmiernym namnożeniem się mątwika burakowego. Liczne patogeny lub szkodniki, które zamieszkują nasz ogród, np. śmietki, mątwiki korzeniowe, zarodniki grzybów, zimują w miejscach, w których rosły uprzednio ich rośliny żywicielskie. Jeśli w następnym roku posadzimy w to miejsce te same rośliny lub gatunki pokrewne z tej samej rodziny botanicznej, szybko zostaną one zaatakowane. Choroby i szkodniki występujące w glebie w dużym nasileniu na skutek niewłaściwego zmianowania, mogą być bardzo trudne do zwalczania, nawet przy zastosowaniu chemicznych środków ochrony roślin.